Universidad de Chile - Facultad de Medicina - Programa de Genética Humana - ICBM

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SUGERENCIAS PARA EL DESARROLLO DE LOS PRACTICOS Y SEMINARIOS

HIPOTESIS ORIGEN DEL HIV-I

RESPECTO A LA PREGUNTA 4

Las secuencias correspondientes a la muestra datada en 1959 corresponden al virus 5b. Por un error no se incluyó esta información en la pregunta. Pedimos disculpas por los inconvenientes provocados. A modo de orientación, transcribimos a continuación los comentarios de los autores respecto de esta muestra:

COMMENT :

"This sequence ostensibly represents HIV-1 captured by PCR from a 1959 patient known as the 'Manchester Sailor' (Corbitt,G., Bailey,A.S., and Williams,G., Lancet 336:51,(1990)). DNA provided to the Aaron Diamond AIDS Research Center for sequencing yielded this product, which is unexplainedly indistinguishable from contemporary HIV-1 sequences: all of its coding sequences cluster with subtype B sequences (for example, closely to HIVD31, GenBank Accession Number X16109) and do not reveal conspicuous synonymous substitution differences from contemporary samples"

EL PROGRAMA MEGA SE PUEDE BAJAR DESDE EL SITIO

www.megasoftware.net

NO ES NECESARIO RESPONDER PREGUNTA 2 DE LA GUIA

DISPONIBLES SECUENCIAS NUCLEOTIDICAS DE LAS DISTINTAS CEPAS DEL VIRUS HIV

SECUENCIA
env
gag
nef
rev
tat
vif
vpr
vpu

Recomendaciones para responder la pregunta 6) (bajar versión pdf)

El objetivo de esta pregunta es que usted proponga, de manera autónoma, un nuevo análisis filogenético para poner a prueba la hipótesis OPV. Se recomienda realizar un nuevo diseño experimental que contemple la utilización del programa MEGA, para la construcción de los árboles. Usted, por ejemplo, puede proponer un diseño en el que evalúe la divergencia de los grupos de HIV según alguna(s) variable(s) de interés, como por ejemplo origen geográfico, año de tipificación, etc. En el trabajo práctico hemos analizado la divergencia de los diferentes subtipos, pero no de otras variables. Por lo tanto, en su diseño debe indicar

  1. en qué variables concentrará su atención
  2. el número de muestras de cada clase que incluiría
  3. los resultados, expresados de manera general y breve, que espera obtener si la hipótesis OPV es verdadera

Independientemente de estas recomendaciones, usted puede proponer un diseño alternativo a la contrucción de filogenias a través de MEGA, siempre y cuando el enfoque sea evolutivo. Por ejemplo, utilización de técnicas de electroforesis, de inmunocompatibilidad, de análisis morfológico, etcétera.

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Acerca del coeficiente de divergencia

 El coeficiente de divergencia que aparece al pie de los árboles en MEGA, junto a la barra, representa la escala de divergencia del árbol. Por lo tanto, en los árboles construidos en este práctico, la longitud de la barra representa 1% de divergencia. Si se quiere medir la divergencia entre dos grupos, se recomienda medir, con una regla, las líneas horizontales desde el último ancestro en común hasta los representantes actuales de cada grupo, y luego realizar la conversión a porcentajes de divergencia según la escala.

Una vía más rápida es seleccionar la opción Branch Lengths, dentro del menú View de MEGA, tal como se muestra a continuación. A través de esta opción, el programa muestra de manera automática "el largo de cada rama", es decir, el coeficiente de divergencia

EJEMPLO: este árbol incluye los coeficientes de divergencia de MEGA (opción Branch lengths). ¿Cuál es el valor del coeficiente de divergencia entre los HIV del subtipo O y el resto de las cepas?. Una forma de calcular este coeficiente es sumando los largos de las ramas desde el ancestro (indicado con un círculo, hasta los HIV del subtipo O, es decir 0.2353 + 0.0189 + 0.077 = 0.3312 ¿Cuál es el coeficiente de divergencia entre los HIV del grupo B y D? La suma del largo de los brazos desde el último ancestro en común (señalado con una elipse) es 0.0337 + 0.0048 + 0.033 = 0.0715

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Disponible secuencia rev.meg, corregida!

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